1959年5月首批的16所全国重点大学有:
北京大学
清华大学
中国人民大学
北京师范大学
北京工业学院（现北京理工大学）
北京航空学院（现北京航空航天大学）
北京农业大学（现中国农业大学）
中国科学技术大学
西安交通大学
华东师范大学
天津大学
哈尔滨工业大学
复旦大学
上海交通大学
上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）
北京医学院（现北京大学医学部）
PS：
同年8月又增加了四所重点高校:
中国人民解放军军事工程学院，简称“哈军工”（现国防科技大学+南京理工大学+哈尔滨工程大学及若干军校） 中国人民解放军第四军医大学（现空军军医大学） 中国协和医科大学（现北京协和医学院） 中国人民解放军军事电信工程学院（即“西军电”，现西安电子科技大学）
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